Les magasins, au nombre de trente six, et représentant une surface de 6 700 m², sont disposés dans les ailes du bâtiment. Quatre au rez-de-chaussée (un dans l’aile est, trois dans l’aile ouest), et huit dans chacun des trois niveaux d’élévation supérieurs.

Deux des magasins du rez-de-chaussée de l’aile ouest servent à la conservation des documents sur nouveaux supports : l’un pour les masters de microfilms, de CD-Rom, les plaques de verres, et les négatifs noir et blanc (surface : 50 m², température : 18° C, hygrométrie : 40 %). L’autre pour les négatifs couleurs et les cassettes et bandes sonores et autres documents audiovisuels (surface : 50 m², température : 13° C, hygrométrie : 30 %).

Les autres magasins, chacun de 200 m² de surface, servent à la conservation des documents sur papier ou parchemin (température : 18° C, hygrométrie : 55 %). Un magasin est dédié à la conservation des documents de grand format (300 m²). Il est équipé de meubles à plans, de rayonnages métalliques et de rateliers.

Chaque magasin dispose d’une centrale de climatisation indépendante afin d’éviter que, en cas d’infestation, les moisissures ou insectes ne se propagent de magasin en magasin par les tuyaux de ventilation. Ils sont tous équipés de détecteurs anti-incendie.

A terme, la capacité totale de stockage des magasins équipés en rayonnages métalliques est de 54 124 mètres linéaires, répartie comme suit : 14 632 mètres linéaires de rayonnages fixes (27 %), et 39 492 mètres linéaires de rayonnages mobiles (73 %). Les magasins du quatrième niveau n’ont pas été dotés de rayonnages : à l’ouverture du bâtiment, le métrage linéaire équipé était  de 37 000 mètres, dont 21 000 sont d’ores et déjà occupés par les archives existantes.

Un atelier pour la reliure et pour des opérations de consolidation ou de petites restaurations est aménagé au rez-de-chaussée de l’aile ouest (115 m²).
 
Un laboratoire de photographie /microfilmage est aménagé au rez-de-chaussée de l’aile ouest. Il se compose d’une salle pour la prise de vue des photographies (44 m²), d’une salle pour la prise de vue des microfilms (20 m²), d’une salle pour le développement des travaux (21 m²) et d’une pièce de montage - finition (12 m²)
Une pièce (30 m²) située dans la zone du laboratoire de photographie et de microfilmage sert pour le traitement des archives numérisées (il ne s’agit pas d’un atelier de numérisation).
 
Une pièce, au rez-de-chaussée de l’aile ouest, est destinée à faire usage de studio pour le traitement des archives audiovisuelles (27 m²).
 
Un atelier pour le montage des expositions existe au rez-de-chaussée du bâtiment (27 m²).

Une vaste pièce de 150 m² sert de salle de tri, au rez-de-chaussée de l’aile est, proche du quai de versement. Attenante à ces espaces, et donnant directement sur une benne installée à l’extérieur du bâtiment, une salle « pilon » a été aménagée, vaste de 30 m².
 
La salle de réception des versements, ouvrant sur le quai, possède une surface de 50 m² et est équipée d’environ 100 mètres linéaires de rayonnage.

Le vaste hall du rez-de-chaussée du bâtiment, équipé d’un espace d’accueil et de consignes, permet à une hôtesse d’orienter le public dès son arrivée aux Archives.

Toutes les places des salles de lecture sont « câblées » informatiquement.

Le vaste hall du rez-de-chaussée, d’une superficie de 210 m²,  sert de salle d’expositions. Il est destiné à présenter les réalisations des archives et à recevoir celles de leurs partenaires culturels.

De part et d’autre de cet espace s’ouvrent deux salles : une salle de réunion accessible de l’extérieur en dehors des heures d’ouverture des archives, pouvant accueillir une quarantaine de personnes (65 m²) ; une salle du service éducatif pour l’accueil des classes des établissement scolaires du département (70 m²).

34 bureaux, répartis sur trois niveaux, représentant au total 490 m².